[메디게이트뉴스 서민지 기자]제약기업들이 의약품 품질관리 개선에 대한 시설 투자를 하거나 기술혁신형 중소기업의 주식을 취득하는 경우 세금 환급을 받을 수 있다. 최근 세액공제 개편으로 중소기업은 물론 코스닥상장 중견기업도 R&D와 관련된 비용의 세액 공제율이 크게 증가했고, 신성장기술 사업화시설에 대한 공제요건도 폐지했다.

최은영 삼정회계법인 파트너는 한국제약바이오협회가 개최한 2023년 제약바이오 회계·세무 이슈 동향 및 사례 분석 회계 세미나에서 최근 세제 동향과 제약바이오 관련 예·판례를 소개했다.

기존 중소기업에만 신성장동력, 원천기술과 관련한 R&D 비용의 세액공제가 30% 이뤄졌으나, 지난 2018년 R&D 및 사업화 시설 세액공제 개정으로, 중소기업 세액공제율이 30%~40%로 증가하고 코스닥 상장 중견기업에도 25~40%의 세액공제율을 적용하고 있다.

지난 2019년부터는 신성장 위탁연구비 범위도 확대했고, 신성장 R&D 전담부서요건도 완화했다. 이외에도 그간 신약 임상 1, 2상과 희귀의약품 임상비용에 대해서만 세액공제가 이뤄졌으나, 현재는 신약 임상3상의 해외 위탁비용도 허용하고 있다.

R&D 관련 세액 공제가 확대된 만큼 사후관리도 강화했다. 세액 공제와 관련한 연구계획서와 보고서, 연구노트(신성장) 등을 작성, 보관해야 하며, 세액공제를 신청할 때 반드시 연구과제 총괄표를 제출하도록 했다.

2020년 관련 제도 개정으로 납세자의 귀책 정도에 따라 R&D 배제 사유와 시점을 구체화하도록 했다. 거짓/부정 인정은 인정일이 속하는 과세연도 개시일로 규정했고, 인정기준 및 준수사항 위반은 인정 취소일이 속하는 과세연도 개시일로 시점을 명시했다. 또한 신성장 R&D 기술에 바이오, 화합물의약과 함께 바이오베터를 추가했으며, 위탁기관 대상도 확대했다.

2021년 개정에 따라 바이오시밀러 고수율 기준을 배양단계 1g/L로 보완했으며, 신성장 기술 사업화시설의 공제요건을 폐지하고 공제율을 대, 중견, 중소 각각 3%, 5%, 12%에 더해 증가분 3%(기본공제 200% 한도)로 변경했다.

지난해에는 신성장 임상기술 범위에 바이오시밀러 임상3상시험을 추가했으며, 국가전략기술 R&D 세액공제를 대, 중견은 30~40%, 중소는 40~50%로 하고, 사어ㅂ화시설은 대, 중견, 중소 각각 6%, 8%, 16%에 더해 증가분 4%(신성장 대비 3~4%p ↑) 공제하기로 했다.

올해 세법개정안에 따르면 투자·고용 촉진을 목적으로 현재 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단 등 국가전략기술에 바이오 의약품을 추가하기로 했다.

또한 외국인 기술자의 국내 유입 지원을 위해 외국인 기술자 소득세 감면 적용 기한을 연장하고, 대상을 '유망 클러스터 내 학교에 교수로 임용되는 경우'도 포함하도록 확대했다. 외국인 근로사 단일세율 특례 적용기한도 연장하고, 사택제공 이익을 근로소득에서 제외하는 것을 항구화하기로 했다.

이외에도 지역균형 발전을 위해 지역특구 세액감면 적용기한을 2023년 12월 31일에서 2025년 12월 31일로 연장하기로 했으며, 조세회피 관리를 강화하고자 임직원의 국외 주식기준 보상 거래내역 등의 제출을 의무화했다.

최 파트너는 "고수율 바이오시밀러 제조공정 기술 개발을 위한 PPQ가 신성장 R&D 연구개발 범위에 포함되는지에 대한 질문이 이어졌는데, 이는 바이오시밀러의 개량 기술 개발에 진행하는 연구개발 활동에 포함된다고 본다. 또한 조세특례법에 따라 관련 비용은 신성장 R&D 세액공제 대상"이라고 밝혔다.

이어 "유사해보이는 재화라도 성격에 따라 부가가치세 과세, 면세 적용이 달라지는 점을 유의해야 한다"면서 "실제 사업자가 유전자편집기술을 이용해 생산한 미니돼지, 미니돼지로부터 적출한 장기 등을 제약사에 공급시 부가가치세가 면제된다. 그러나  사업자가 실험용 미니돼지 등을 이용해 비임상 연구용역을 제약사에 공급시 면세대상 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 부가가치세가 과세된다"고 설명했다.

한편 이날 세금 환급을 위한 아이템 소개도 이어졌다.

최 파트너는 "의약품 품질관리 개선 시설에 투자하면 투자금액의 1~6%에 상당하는 금액을 세액공제로 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다"면서 "시설에 대한 건축비 외에 법인세법에 따라 취득가액으로 계산되는 기타 부대비용도 포함된다"고 했다.

이어 "의약품 상업 생산을 위한 필수 연구개발 절차인 PV에 대해서도 신성장 R&D 세액공제가 적용된다"면서 "내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 요건을 갖춰 취득시 기술가치 금액의 10%를 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다"고 강조했다.

이외에도 중소기업창업투자회사 등을 제오한 내국법인이 직접 출자 또는 창투조합 등을 통한 간접출자의 방법으로 벤처기업 등에 출자하면, 출자금액의 5%에 상당하는 금액을 세액 공제하고 있다. 최근 행정법원 판례를 통해 장애인 고용부담금에 대한 손금을 인정한만큼, 이를 근거로 손금을 부인한 부담금에 대한 경정청구도 가능할 것으로 내다봤다.